类型:理科工具大小:44.92 MB
语言:简体中文 日期:2023-12-09
HyperChem是一款以高质量、灵活、易操作而闻名的分子模拟软件,可通过3D对量子化学进行一个全面的计算,有着方便的模拟工具、美观的图形界面,可通过量子化学的半经验方法(AM1、PM3等)、从头算方法(UHF、RHF、CI等)、密度泛函方法进行计算,进行单点能、几何优化、分子轨道分析、蒙特卡罗和分子力学计算、预测可见-紫外光谱等功能,为用户更方便、简洁的实现工作上的种种需求!
1、输入结构、读取数据文件盒直接操作文字,以球、棍及其混合模式等不同方式显示分子;
2、用量子化学或经典势能曲面方法。进行单点、几何优化和过度态寻找计算。
3、支持的计算方法有:从头计算,半经验方法,分子力学,混合计算等;
4、支持用户定制的外部程序;
5、其他模块:PAYTRACE模块、RMSFit、SEQUENCE编辑器、晶体结构器糖类结构器、构象搜寻、QSAR特效、脚本编辑器;
6、新的力场方法:Amber2、Amber3、用户糖类的Amber、Amber94、Amber96;
1、下载程序并打开,
2、安装完成后,进入软件的主目录;
3、将压缩包中的CRACK压缩包进行解压,将里面的文件覆盖在主目录下面;
4、运行程序即可完成;
一、画原子
1、打开Element Table对话框。这里有两种方法:
在Build菜单中选择Default Element,或者双击Drawing工具。DefaultElement对话框允许从周期表中选择缺省元素。
2、如果单击Properties...按钮,将显示当前选择元素的物理属性。也可以
按下Shift键同时单击元素按钮,结果是一样的。单击OK键,物理属性框消失。
3、如果Allow Ions或者Explicit Hydrogens打开(用对勾选择),左键单击这些选项使其关闭。
4、在缺省元素列表中选择Carbon,接着关闭元素对话框。缺省元素将设置为碳。当然也可以把打开的Default Element对话框移走,这样可以看到HyperChem工作区。当画原子非常多的分子时,这是非常有效的。
5、左键单击Drawing工具,把指针移到工作区。
6、左键单击工作区左下角,将出现一个小圈,代表未成键的碳原子。
7、在工作区不同位置画更多的原子。
二、画价键
1、把指针移到刚才画的第一个碳上。
2、按下鼠标左键。这是价键在第一个原子的位置。
3、保持鼠标按钮按下的同时拖向工作区的顶端。
4、放开鼠标按钮。这是价键在第二个原子的位置。一条线代表两个碳原子之间的价键。
5、用仍旧停留在价键末端的指针, 用左键拖向工作区右下角。
6、放开鼠标按钮。这是第三个原子的位置。
7、在空白工作区画六个价键,形成一个环。
现在你清楚了如何画原子和分子,并且学会了一些基本技巧。
三、选择原子
在这个练习中,通过选择原子,你可以学到基本的选择技巧。首先必须设置选择的级别[原子(atoms),基(residues),或分子(molecules)],这里设置为原子(atoms)。
1、左键单击Select菜单。
2、左键单击选择Atoms。
接下来,关闭Multiple Selections:
1、左键单击Select菜单。
2、如果Multiple Selections打开,左键单击来关闭它。
这样当你重新选择一个原子或者一组原子的时候,前面的选择将会取消。
四、删除原子
1、左键单击Drawing工具进入绘图模式。
2、右键单击想要删除的原子,或者想要删除的价键中部。原子和价键就会消失。
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